বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিম ঞ্চলের শিল্প ও বানিজ্যে সেবা প্রদানের লক্ষ্যে 1992 সালে কাস্টমস এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনার যাত্রা শুরু হয়। সূচনালগ্ন হতে এ কমিশনারেট পণ্য উৎপাদনকারী, সেবা প্রদানকারী ও ব্যবসায়ীদের সার্বিক সেবা এবং সহায়তা প্রদানের মাধ্যমে সরকারী রাজস্ব আহরণে উল্লেখযোগ্য অবদান রেখে আসছে। দেশের দক্ষিণ অঞ্চল নিয়ে গঠিত এ কমিশনারেট দেশের বৃহত্তম কমিশনারেট। বর্তমানে এ কমিশনারেটে অধীন 11টি বিভাগ, 25টি সার্কেল 2টি শুল্ক স্টেশন, 1টি ট্রানজিট পয়েন্ট, 4টি গবাদি পশুর করিডোর, ও 4টি শুল্ক গুদাম রয়েছে। এ কমিশনারেটের মঞ্জুরীকৃত পদের সংখ্যা 849 জন থাকলেও কর্মরত রয়েছে মাত্র 264 জন কর্মকর্ত/কর্মচারী। জনবলের স্বল্পতা ও অপ্রতোল অবকাঠামো সত্ত্বেও এ কমিশনারেট বিগত তিন বছর জাতীয় রাজস্ব বোর্ড কর্তৃক নির্ধারিত রাজস্ব লক্ষ্যমাত্রা অর্জন করতে সক্ষম হয়েছে। আর এ সাফল্যের মূলে রয়েছে এদপ্তরের সকল পর্যায়ের কর্মকর্তা/কর্মচারীদের কঠোর পরিশ্রম, দক্ষতা, নিষ্ঠা এবং ব্যবসায়ীদের সার্বিক সহযোগিতা। 2021 সালের মধ্যে মধ্যম আয়ের দেশে পরিনত হতে যে লক্ষ্য নির্ধারণ করা হয়েছে তা বাস্তবায়নে খুলনা কমিশনারেট নিরলসভাবে কাজ করে যাচ্ছে। বর্তমান সরকারের অগ্রাধিকার ভিত্তিক প্রকল্প পদ্মা সেতু বাস্তবায়িত হলে এ কমিশনারেটের গুরুত্ব অনেকাংশে বেড়ে যাবে। এ এলাকায় ব্যবসা বানিজ্যের ব্যপক প্রসার ঘটবে , মানুষের জীবনমানের উন্নতি ঘটবে সর্বপরি দেশের অগ্রগতিতে এ কমিশনারেট আরও বেশি ভূমিকা রাখতে পারবে।